Приходская Иоанно-Предтеченская каменная двухкупольная церковь существует с начала XVIII в., она планом крестовидна, совместно с колокольней. Время постройки ее с точностью не известно, хотя по документам таким временем показывается 1700-й год. Известно только, что в 1719 г. она уже существовала; в 1740 г. она отдана была базилианам, а в 1795 г. присоединена к православию. В храме имеется старинный серебряный потир с выгравированной датой: «1745 год». Кроме главного престола в честь св. Иоанн Предтечи есть еще придельный, посвященный в честь св. Архистратига Михаила, в память существовавшей в приходе XVIII в. Михайловской церкви. Кроме того, была некогда церковь в приписной д. Роскошевке, но никаких сведений о ней не сохранилось.

Поскольку у Ш. были духовно-учебные заведения, то настоятелями Иоанно-Предтеченской церкви обыкновенно назначались лица, стоящие во главе этих заведений. Первым настоятелем ее был префект и учитель Подольского духа. семинарии, воспитанник Киевской дух. академии прот. Андрей Кисилевский - с 1796 г.; в 1835 г. он был перемещен на настоятельское место в Ямпольский собор, а на его место назначен в 1836 г. “ректор” Шаргородского духовного училища, магистр Киевской дух. академии протоиерей Матфей Гадзинский, который положил много сил и средств на благоукрашение своего храма; он умер в Ш. в 1861 г.

Церковной земли: усад. 1074 с., запах. 73 д., сен. с лес. 12 д., луговой 2 д. 50саж. и неуд, под кустарн. и болот. 3 д., а всего 90 д. 1124саж. Священнические постройки наполовину каменные, а псаломщические – деревянные; все они частью перестроены, а частью вновь возведены в 1886 г. на средства помещика с пособием от прихожан. Кроме того, на погосте Предтеченской церкви есть каменный под железной крышей дом для женской школы и читальни, а на погосте бывшей Михайловской церкви — странноприимный дом, также каменный, крытый черепицей; есть постройки и на церковном хуторе.

Свято-Иоанно Предтеченский храм г. Шаргород был разрушен коммунистической властью в 1939 г. Здания, принадлежавшие церковной общине (странноприемный дом ул.Ленина 182, дом священника по ул. Ленина 186) были отобраны и в настоящее время находятся в частной собственности. На месте разрушенного храма был построен магазин.

В 1998 году по просьбе общины и благочинного прот. Георгия Комара здание магазина было передано церковной общине. В том же году здание переоборудовано под храм. Настоятелем Свято-Иоанно-Предтеченского храма был назначен иерей Иоанн Криванич, служивший до 2008 г.

В 2008 году настоятелем был назначен прот. Василий Молнар. В 2009 году началось полное обновление и реконструкция храма.

В течение 2009-2013 г. построен новый алтарь и колокольня, а также центральная часть храма. Возобновление и реконструкция продолжается.